Nedavno su unutar oltara, tijekom restauracije, pronađene relikvije za koje se vjeruje da pripadaju svetom Petru. Pronađene su u crkvi u Santa Maria in Cappella uTrasteveru, koja je posvećena 1090. godine.
Ono što je sigurno, jest činjenica da je grobnica svetog Petra bila smještena na vatikanskom brijegu, a danas se na tom mjestu nalazi spomenuta crkva. Premda je arheolog Margherita Guarducci tvrdio još sredinom prošloga stoljeća da je pronašao relikvije, na što je i tadašnji papa, Pavao VI., rekao da se mogu smatrati uvjerljivima, zagonetka vezana s relikvijama ipak nije okončana.
Tijekom nedavnih radova u crkvi Santa Maria in Cappella, pronađene su dvije rimske posude unutar oltara, koje navodno sadrže relikvije ranijih papa, između ostalih i one svetoga Petra. Na poklopcima posuda uklesana su imena svetaca, koja se ponavljaju pisana različitim rukopisom.
Arheolog Cristiano Mengarelli na kamenu je pronašao natpis koji svjedoči da su se ondje čuvale važne relikvije; na popisu se nalaze i dijelovi odjeće Djevice Marije, koji nisu pronađeni, relikvije sv. Petra, pape Kornelija,… Pronađene su relikvije stavljene u nove posude i predane rimskom Vikarijatu, koji ih je ponovno zapečatio.
Ipak, ništa se još ne može sa sigurnošću tvrditi o autentičnosti pronađenih relikvija. Najavljeno je novo istraživanje i usporedba starijih i nedavno pronađenih relikvija, a do tada se misterij vezan s relikvijama prvoga Pape nastavlja.
